Lata 70-te. Major SB chce "kupić" naiwnego księdza Zieję i zrobić z niego agenta, który skompromituje opozycję. Przesłuchania księdza stają się naturalnym pretekstem do wędrówki przez historię Polski wieku dwudziestego - od wojny bolszewickiej 1920 roku, przez II wojnę światową, aż do czasów współczesnych. Okazuje się, że naiwny ksiądz Zieja to mądry buntownik. Nie godził się na świat, w którym żył. Wyprzedzał swoją epokę. Samotna wędrówka bez paszportu do Rzymu w latach 30-tych, była myśleniem o Unii Europejskiej. Udzielenie katolickiego pogrzebu samobójczyni (w latach 20-tych ubiegłego wieku), to sprzeciw wobec kościelnych reguł. Głoszenie hasła "nigdy nie zabijaj nikogo, nawet swoich wrogów" w czasie II wojny światowej było sprzeciwem wobec mitów patriotycznych i zapowiadało modne później postawy pacyfistyczne. Zieja stawiał na szali swoje życie i wolność, w imię wyznawanych wartości moralnych, etycznych i religijnych. Film "Zieja" wyrasta z nurtu polskiego katolicyzmu, który jest oparty na wysokich standardach etycznych, ubóstwie i tolerancji oraz szacunku i miłości do drugiego człowieka.